Журнал “Биомедицинская химия” (до 2003 г. “Вопросы медицинской химии”) издаётся как зарегистрированное периодическое издание с 1955 года, и служит, таким образом, Советской, а затем и Российской науке более 60 лет. Он был создан на базе ежегодного сборника “Вопросы медицинской химии”, издававшимся АМН СССР и Институтом биологической и медицинской химии АМН СССР с 1949 года (главный редактор Сергей Руфович Мардашев). Первым главным редактором журнала “Вопросы медицинской химии” с 1955 по 1967 годы был Сергей Евгеньевич Северин. С 1967 по 1995 год главным редактором журнала был Сергей Сергеевич Дебов.
В 1996 году начинается новый период в истории журнала – главным редактором становится директор ИБМХ академик А.И. Арчаков, и редакция полностью переходит в ИБМХ, который позднее становится соучредителем журнала наряду с РАМН. В 2007-2022 годах статьи нашего журнала, получившие наивысшие оценки рецензентов, издавались на английском языке в журнале “Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry”. За 2014-2015 годы в журнале произошли многочисленные изменения: изменены принципы и правила приёма и рецензирования статей, что привело к повышению качества публикуемых материалов, изменен шаблон и качество печати, увеличен объём журнала. Обновлённый сайт журнала предоставляет свободный доступ к архивным выпускам. К настоящему времени полностью восстановлен архив журнала с 1996 года, идёт процесс восстановлен архива до 1979 г. Все эти факторы привели к росту цитируемости журнала. Серьёзную помощь журналу оказала и победа журнала в 2014 года в Конкурсе по государственной поддержке программ развития и продвижению журналов. Это и материальная поддержка, и признание достижений журнала.